O fundo testemunha a estrutura orgânica, as funções e as atividades desenvolvidas pela Misericórdia de Lisboa. A documentação encontra-se classificada em secções relativas à constituição, organização e regulamentação da Misericórdia, às atividades dos órgãos dirigentes e expediente, à gestão dos recursos financeiros, patrimoniais e humanos, e, ainda, às atividades da instituição no âmbito da assistência social e religiosa, exercidas através da criação e sustento de crianças expostas, das visitas a pobres, da concessão de dotes a órfãs, subsídios e alimentos, da assistência médica a necessitados, da manutenção de recolhimentos de órfãs, do fomento de jogos sociais, etc.

Entre as suas séries documentais destacam-se compromissos (1502-1818); registo de privilégios e mercês à Irmandade da Misericórdia, Hospital de Todos-os-Santos e Mesa dos Enjeitados (1500-1731); decretos, avisos e ordens (1528-1813); registo de decretos, avisos e ordens (1756-1828); registo de decretos, avisos e consultas (1812-1835); registo de portarias e outros diplomas (1835-1930); portarias e outros diplomas (1835- -1902); registo de consultas e representações (1835- 1925); acórdãos da Mesa (1757-1837); atas da Comissão Administrativa (1840-1851); atas da Mesa (1851-2008); documentos anexos às atas da Comissão Administrativa (1834-1851); documentos anexos às atas da Mesa (1878-1865); registo de ordens da Mesa / Comissão Administrativa / Administração (1766-1922); ordens da Comissão Administrativa (1834-1851); resoluções transmitidas às Repartições (1ª, 2ª, 3ª e 4ª) e ao diretor do Hospital dos Expostos e Recolhimento (1877-1911); atas da Junta Pequena [dos definidores] (1756 - 1801); atas da Junta Grande [Assembleia de Irmãos] (1756-1832); termos de eleição e posse (1756-1831); documentação sobre a admissão de irmãos (1756-1833); registo de irmãos (1708-1832); livros de segredos (1757-1777); registo de cartas (1754-1896); registo de ofícios (1852-1952); índice de correspondência (séc. XIX-XX); correspondência reservada com o Ministro (1849-1853); registo de correspondência com o Governo Civil de Lisboa (1846-1911); registo de correspondência (1927-1972); correspondência recebida (1704-1962); copiadores de correspondência enviada (1860-1943); "livros da porta" (1757-1966); índices de requerimentos (século. XIX); registo de requerimentos (1841-1911); tombos de propriedades e mapas de cadastro de bens do domínio privado (1938-1960); registo de escrituras e escrituras celebradas entre a Misericórdia e terceiros (1756-1865); registos de testamentos, certidões dos testamentos e das verbas testamentárias deixados à Misericórdia (séc. XVIII-1937); documentação sobre "legados de novo aplicados" (1789-1800); documentação referente a legados não cumpridos (1782-1854); documentos sobre legados de visitadores (1762); documentação relativa a legados de capelas e dotes (1766-1845); autos cíveis e sentenças (séc. XVIII-XIX); documentação sobre a desamortização dos bens da Misericórdia e das crianças expostas (1868-1904); registo de sepulturas na igreja da Misericórdia (1601-1700); registo e processos de casamentos (1760-1870); registo de óbitos (1755-1882); inventários de bens da igreja e capelas (1586-1932), registo de provisões e licenças dos homens das tumbas (1776-1827); cartas régias de nomeação (1850-1907); diversas séries relacionadas com a Caixa de Aposentação dos Funcionários da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa (1918-1948).

Entre a documentação que testemunha as atividades assistenciais da Misericórdia, contam-se diversas séries relativas aos recolhimentos de órfãs (1618-1952); registo de visitadas (1744-1873); registo de visitadores (1778-1941); várias séries documentais sobre a concessão de dotes (1756-1932) e referentes à lotaria e outros jogos sociais (1783-1981).

A secção mais completa é a que diz respeito à “criação de expostos” [1636-1926), 1977 u.i.], da qual se podem destacar as seguintes séries: resoluções transmitidas à direção do Hospital dos Expostos (1877-1895); assentos da Mesa dos Enjeitados (1718-1767); despachos (1873-1920); registo de ofícios enviados (1865-1915); registo de ofícios recebidos (1879-1918); ofícios recebidos (1870-1924); ofícios da direção do Hospital dos Expostos (1915-1924); demandas da Mesa dos Enjeitados (1730-1753); registo da entrada de expostos (1657-1775); registo da entrada e batismo de expostos (1775-1862); registo da entrada e batismo de expostos negros e mestiços (1780-1834); registo da entrada de crianças desamparadas (1850-1941); registo de batismos de expostos (1903-1911); sinais da entrada de expostos (1790-1926); registo da entrada de expostos dos extintos concelhos de Belém e Olivais (1886-1889); matrículas das entradas de expostos (1775-1789); registo de exposições (1870-1906); diversas séries sobre a criação de expostos - leite e seco (1751-1847); termos de entrega das crianças aos pais (1775-1941), processos de entrega de enjeitados aos pais e registo de emancipações (1854-1870).