Unidade orgânica criada na dependência direta da Administração do Departamento de Gestão Imobiliária e Património, na sequência da reestruturação deste último ocorrida a 6 de Agosto de 2009, a qual já espelhou as alterações consignadas nos estatutos da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa (Decreto-lei n.º 235/2008, de 3 de dezembro), relativamente à gestão de topo do Departamento.
A reestruturação empreendida na referida data reduziu significativamente o número de unidades orgânicas, ao extinguir as direções intermédias que sempre caraterizaram a estrutura orgânica do DGIP, desde a sua criação em Agosto de 1991. Contudo, a tendência geral das subsequentes alterações estruturais foi no sentido do restabelecimento das referidas direções, bem como do aumento das unidades orgânicas delas dependentes.
Assumiu, grosso modo, as atribuições anteriormente asseguradas pela Direção de Administração do Património.
A 3 de fevereiro de 2015, o diretor passou a ser coadjuvado por dois subdiretores, sob a égide dos quais ficaram as duas direções intermédias do Departamento. O regulamento orgânico, aprovado a 28 de Abril de 2016, previa apenas um subdiretor, sem pelouro específico, tendo este cargo sido extinto após a reestruturação departamental aprovada a 6 de Junho de 2019.