O Instituto de São Pedro de Alcântara foi criado em 1943, resultando da fusão entre o Recolhimento das Órfãs e o Instituto Luísa Paiva de Andrada, nos termos da deliberação n.º 36 da sessão de Mesa de 30 de Setembro do mesmo ano.

Com a fusão destes dois antigos estabelecimentos de assistência educativa, o convento da extinta Ordem dos Religiosos Menores Reformados de Santa Maria da Arrábida, sito em São Pedro de Alcântara, passou a albergar as alunas do Instituto Luísa Paiva de Andrada, cujo antigo edifício, sito na Rua de São Boaventura, serviria para acolher os serviços administrativos do novo Instituto.

Em 1944, entrou em vigor o protocolo de cooperação entre a Santa Casa da Misericórdia e a Congregação da Apresentação de Maria, que assumiu a direção do Instituto de São Pedro de Alcântara, herdando dos extintos estabelecimentos, a vertente pedagógica e assistencial, continuando a acolher órfãs provenientes de todo o país.

O Instituto de São Pedro de Alcântara conciliou, durante alguns anos, a vertente pedagógica e assistencial, proporcionando residência a órfãs provenientes de todo o país, no entanto, nos termos da Portaria n.º 14.347 de 22 de Abril de 1953, a parte respeitante ao recolhimento das órfãs foi incorporada na secção de Santa Clara da Casa Pia de Lisboa.

O Instituto continuou a funcionar como lar e colégio, obtendo o estatuto de escola oficial em 1953, por força da Portaria n.º 14.452 de 9 de Julho do mesmo ano.

Em 1974 são suspensas as atividades letivas no antigo Convento de São Pedro de Alcântara, passando o Instituto de São Pedro de Alcântara a funcionar apenas como lar, sendo a formação adquirida nas escolas oficiais.

Em 2012 o Instituto de São Pedro de Alcântara deixa de existir, em consequência da anulação do protocolo entre a Santa Casa da Misericórdia de Lisboa e a Congregação da Apresentação de Maria.

Em 1943, o Recolhimento das Órfãs e o Instituto Luísa Paiva de Andrada, antigos estabelecimentos de ensino e assistência, reúnem-se sob um único nome: Instituto de São Pedro de Alcântara.

O novo Instituto passou a funcionar no antigo convento de São Pedro de Alcântara, sob a direção da Congregação da Apresentação de Maria, nos termos do protocolo estabelecido com a Santa Casa da Misericórdia, datado de Outubro de 1943.

O novo Instituto teria capacidade para 62 educandas (22 provenientes do Instituto Luísa Paiva de Andrada e 40 do Recolhimento das Órfãs).

A admissão das educandas era feita por uma equipa pedagógica que incluía um técnico de serviço social da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa. As condições de admissão passavam pela privação, temporária ou permanente, da família natural e, conforme referido no primeiro protocolo estabelecido com a Congregação da Apresentação de Maria, em 1943, também as condições de vida ou “desamparo” apresentadas pelas candidatas, eram importantes fatores para admissão.

Para além dos normais programas de ensino, em 1944 começou a ser lecionado no Instituto de São Pedro de Alcântara um curso para visitadores e outros agentes de assistência social, complementar ao Curso Geral.

Em 1953, aquando da criação do curso oficial de Auxiliares Sociais, promulgado pela portaria n.º 14.452, de 9 de Julho de 1953, o Instituto de São Pedro de Alcântara ganha o estatuto de escola oficial, entre outras instituições de ensino.

Em 1974, o Instituto de São Pedro de Alcântara passou a funcionar apenas como lar, passando a formação das residentes a ser adquirida nas escolas oficiais.

O acordo de cooperação entre a Santa Casa da Misericórdia de Lisboa e a Congregação da Apresentação de Maria, estabelecido em Outubro de 1943 e revisto a 20 de Agosto de 1974, foi anulado em 2012, resultando na extinção do Instituto de São Pedro de Alcântara.