Pelo falecimento de Mário Pais de Sousa, no exercício das funções de provedor, e na falta de um dos dois adjuntos da Mesa, as competências decisórias, deliberativas e executivas da Mesa, enquanto órgão colegial, ficaram, provisoriamente, suspensas até à nomeação, pela tutela governamental, de um novo provedor e de dois adjuntos.

Desta feita, todas as atribuições anteriormente detidas pela Mesa ficaram concentradas no adjunto remanescente, António de Sousa Madeira Pinto, que passou a despachar, coadjuvado pelo oficial-maior da Misericórdia de Lisboa, os assuntos que, no período anterior, eram levados semanalmente à votação e deliberação da Mesa. Esta modalidade de direção executiva manteve-se em vigor até 16 de janeiro de 1956, após aprovada a reorganização da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa pelo Decreto-lei n.º 40.397, de 24 de Novembro de 1955.

Por ordem de serviço do referido provedor adjunto, no período de interregno da Mesa (21 de Abril de 1949 a 6 de Janeiro de 1956), continuou a ser utilizado, para registo semanal dos seus despachos, o livro de atas das sessões da Mesa, passando, no entanto, a denominar-se o conjunto das deliberações decisórias de "registos de despachos", datados e numerados segundo o critério numérico e cronológico anual.

Serviço criado na fase de estruturação do Departamento de Gestão Imobiliária e Património, após a criação deste último pelo Decreto-lei n.º 322/91, de 26 de Agosto, que aprovou os Estatutos da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa.

Foi extinto na sequência da reestruturação orgânica do Departamento, ocorrida a 16 de Julho de 1998.

O Instituto de São Pedro de Alcântara foi criado em 1943, resultando da fusão entre o Recolhimento das Órfãs e o Instituto Luísa Paiva de Andrada, nos termos da deliberação n.º 36 da sessão de Mesa de 30 de Setembro do mesmo ano.

Com a fusão destes dois antigos estabelecimentos de assistência educativa, o convento da extinta Ordem dos Religiosos Menores Reformados de Santa Maria da Arrábida, sito em São Pedro de Alcântara, passou a albergar as alunas do Instituto Luísa Paiva de Andrada, cujo antigo edifício, sito na Rua de São Boaventura, serviria para acolher os serviços administrativos do novo Instituto.

Em 1944, entrou em vigor o protocolo de cooperação entre a Santa Casa da Misericórdia e a Congregação da Apresentação de Maria, que assumiu a direção do Instituto de São Pedro de Alcântara, herdando dos extintos estabelecimentos, a vertente pedagógica e assistencial, continuando a acolher órfãs provenientes de todo o país.

O Instituto de São Pedro de Alcântara conciliou, durante alguns anos, a vertente pedagógica e assistencial, proporcionando residência a órfãs provenientes de todo o país, no entanto, nos termos da Portaria n.º 14.347 de 22 de Abril de 1953, a parte respeitante ao recolhimento das órfãs foi incorporada na secção de Santa Clara da Casa Pia de Lisboa.

O Instituto continuou a funcionar como lar e colégio, obtendo o estatuto de escola oficial em 1953, por força da Portaria n.º 14.452 de 9 de Julho do mesmo ano.

Em 1974 são suspensas as atividades letivas no antigo Convento de São Pedro de Alcântara, passando o Instituto de São Pedro de Alcântara a funcionar apenas como lar, sendo a formação adquirida nas escolas oficiais.

Em 2012 o Instituto de São Pedro de Alcântara deixa de existir, em consequência da anulação do protocolo entre a Santa Casa da Misericórdia de Lisboa e a Congregação da Apresentação de Maria.