O Centro Policlínico de São Roque integrava várias unidades funcionais e tinha como função coordenar, orientar e avaliar toda a sua atividade no tocante à prestação de cuidados de saúde diferenciados à população desfavorecida da cidade de Lisboa, privilegiando os utentes já apoiados pela área da ação social da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa e, em particular, os residentes em equipamentos de administração direta.

Competia-lhe, especialmente:
a) planear, orientar, avaliar e supervisionar as atividades desenvolvidas pelas unidades funcionais dependentes, com garantia da máxima eficiência e qualidade dos cuidados prestados;
b) elaborar, com a colaboração das unidades funcionais, o plano e o relatório de atividades do Centro a integrar no da Direção de Coordenação dos Serviços de Saúde de São Roque;
c) promover a existência de boas condições de humanização no acolhimento e atendimento dos utentes;
d) assegurar a prática de um sistema informativo adequado e de um relacionamento adequado com os utentes e familiares, dentro das linhas gerais que se encontravam superiormente estabelecidas;
e) assegurar a produtividade e eficiência dos cuidados de saúde prestados, procedendo à sua avaliação sistemática;
f) rever as decisões de admissão e de alta, na Unidade de Pediatria, para pesquisar oportunidades de diminuição da estada dos doentes ou tratá-los em serviços ou hospitais menos honerosos;
g) garantir a organização e constante atualização dos processos clínicos e a aplicação de programas de controlo da qualidade e da produtividade;
h) fomentar as consultas de referência e interligação regular entre os especialistas e os "médicos de família" e avaliar a sua eficiência e eficácia;
i) controlar os consumos das unidades funcionais, nomeadamente os de medicamentos;
j) zelar pela atualização das técnicas utilizadas, propondo as iniciativas aconselháveis à valorização, aperfeiçoamento e formação do pessoal em serviço;
k) assegurar o cumprimento integral do regime de trabalho por parte de todos os colaboradores.

•[deliberação da 2.ª sessão extraordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 29 de Janeiro de 1996,] que determinou a criação de um grupo de trabalho para elaborar uma proposta de alteração da estrutura orgânica dos Serviços de Saúde de São Roque.

•736.ª e 737.ª deliberações da 21.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 23 de Maio de 1996, que aprovaram o organograma dos Serviços de Saúde de São Roque e a nova estrutura orgânica dos mesmos.

•785.ª deliberação da 68.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 30 de Abril de 1997, que determinou a constituição de um grupo de trabalho encarregue de apresentar um "Projeto de Reestruturação dos Serviços de Saúde de São Roque".

•2010.ª deliberação da 99.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 4 de Dezembro de 1997, que aprovou o regulamento orgânico dos Serviços de Saúde de São Roque.

•2012.ª deliberação da 99.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 4 de Dezembro de 1997, que nomeou uma Comissão de Gestão e Reestruturação dos Serviços de Saúde de São Roque, com a incumbência de criar as condições indispensáveis à implementação do novo regulamento orgânico e encarregue de proceder à reorganização, regularização e estabilização dos referidos serviços, sem prejuízo da apresentação de propostas de alteração ou aperfeiçoamento que se mostrassem necessárias.

•83.ª deliberação da 104.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 15 de Janeiro de 1998, que definiu as competências específicas dos vogais da Comissão de Gestão e Reestruturação dos Serviços de Saúde de São Roque.

•6.ª deliberação da 153.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 6 de Janeiro de 1999, que aprovou, com ressalva, o Regulamento Geral dos Serviços de Saúde de São Roque, determinando que o conjunto destes Serviços passasse a designar-se Direção de Coordenação dos Serviços de Saúde de São Roque.

•107.ª deliberação da 155.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 21 de Janeiro de 1999, que aprovou definitivamente o regulamento geral da Direção de Coordenação dos Serviços de Saúde de São Roque.

•345.ª deliberação da 13.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 3 de Outubro de 2002, que revogou o regulamento orgânico da Direção de Coordenação dos Serviços de Saúde de São Roque e aprovou a nova estrutura orgânica da Direção dos Serviços de Saúde.

O Centro Policlínico de São Roque era dirigido por um diretor, médico, e coordenado tecnicamente, na área de enfermagem, por um enfermeiro supervisor ou, na falta deste, por um enfermeiro-chefe. O diretor era nomeado pela Mesa, ouvidos o diretor coordenador e o diretor clínico dos Serviços de Saúde de São Roque.

Esta unidade orgânica compreendia as seguintes unidades funcionais, correspondentes a especialidades de medicina:

• Unidade de Estomatologia
• Unidade de Ginecologia e Obstetrícia
• Unidade de Imagiologia
• Unidade de Medicina Interna
• Unidade de Oftalmologia
• Unidade de Otorrinolaringologia
• Unidade de Patologia Clínica
• Unidade de Pediatria
• Unidade de Pedopsiquiatria
• Unidade de Psiquiatria