Compreende os conjuntos documentais relativos às deliberações tomadas pela Comissão Administrativa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa e Hospital de São José, pelo Conselho da Misericórdia, bem como pelas diversas Mesas Administrativas.

Inclui séries documentais compostas por livros de registo de receitas e despesas referentes às propriedades rústicas e urbanas da titularidade da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa (adquiridas por via de compra, herança, legado, doação ou cobrança executiva de dívidas), localizadas em várias zonas do país e, sobretudo, na cidade de Lisboa.

Integra, também, séries que englobam livros de termos de arrendamento das propriedades, bem como de assento de dívidas contraídas pelos arrendatários, foreiros ou rendeiros e, ainda, um livro de registo das propriedades vendidas, em cumprimento da Lei da Desamortização.

Os documentos compreendidos nesta subsecção constituíam elementos informativos relevantes para a gestão financeira e a administração dos bens fundiários da Misericórdia de Lisboa.

Inclui séries compostas por livros dedicados exclusivamente ao cômputo e escrituração das receitas da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, provenientes de heranças, legados, doações, de tenças e outras fontes de rendimento resultantes da liberalidade régia, ou do capital e juros vencidos dos empréstimos contraídos, junto da Misericórdia, pela Coroa (padrões de juro reais), por particulares ou por outras instituições.

Os registos patentes nestes livros constituem a base informacional para a produção de outros, que integram outras subsecções relativas à gestão financeira da Misericórdia de Lisboa.

Inclui séries documentais compostas por documentos que refletem a administração financeira dos bens, móveis e imóveis, adquiridos pela Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, por via de herança, legado ou doação, e aos quais, para além das receitas geradas, estavam adstritos encargos estipulados pelos testadores ou doadores, os quais geravam despesas a satisfazer pela Misericórdia.
Entre estas, encontram-se os dispêndios com a celebração de missas de sufrágio pela alma dos testadores ou beneméritos, a distribuição de dotes de casamento a órfãs, as esmolas para a alimentação, o vestuário, os cuidados de saúde de pobres, ou ainda, para custear os processos de livramento de presos pobres, o resgate de cativos, o sustento de crianças expostas, o acolhimento de órfãs, entre outras.

As séries desta secção refletem, também, as verbas advindas das execuções de penhora de bens destinadas ao pagamento dos legados pios não cumpridos pelos respetivos administradores, bem como das comutações desses legados e aplicação dos seus rendimentos noutras obras de misericórdia, que não as originalmente estipuladas pelos testadores.

Inclui séries compostas por livros de registo resultantes da atividade creditícia da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, como prestadora de empréstimos de dinheiro a juros, sobretudo a famílias da alta nobreza portuguesa.

Integra, também, séries resultantes do controlo e cobrança de dívidas dos encargos testamentários e relativas a rendas vencidas de propriedades da titularidade da Misericórdia de Lisboa.

Contempla, ainda, conjuntos documentais constituídos por escrituras de dívida, sentenças, mandados e autos de penhora, declarações, certidões, obrigações e livros de registo de consignações de devedores.

Contém documentação relativa ao cômputo e processamento de receitas e despesas da responsabilidade do Tesoureiro e, posteriormente, do Serviço da Tesouraria da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa.

Inclui séries documentais relativas ao controlo e registo de pagamentos, recebimentos, cobranças e movimentações financeiras do Cofre da Santa Casa.

Inclui séries documentais formadas por livros de registo de receitas e despesas, como os livro caixa, o diário, o razão, o mestre e outros livros auxiliares do registo e computação, para além de uma série composta por borradores destes livros.

Integra, igualmente, séries referentes aos documentos comprovativos das despesas e das receitas: documentos de despesa e de receita do cofre e do caixa.

Entre o conjunto documental de documentos de despesa, existem arquivados, separadamente, pelo seu volume e formatos diferenciados, os livros da capela (com as despesas da igreja, decorrentes de missas celebradas na igreja e nas cadeias, de enterros, de tumbas e de cera), os livros de ordenados, os pagamentos por folhas e os livros de pagamento de tenças.

As séries desta subsecção resultam da reorganização contabilística e financeira da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa operada a partir de 1766, com a junção dos vários "cofres" existentes num "Cofre Geral".