Compreende os conjuntos documentais relativos às deliberações tomadas pela Comissão Administrativa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa e Hospital de São José, pelo Conselho da Misericórdia, bem como pelas diversas Mesas Administrativas.

Inclui séries documentais compostas por livros de registo de receitas e despesas referentes às propriedades rústicas e urbanas da titularidade da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa (adquiridas por via de compra, herança, legado, doação ou cobrança executiva de dívidas), localizadas em várias zonas do país e, sobretudo, na cidade de Lisboa.

Integra, também, séries que englobam livros de termos de arrendamento das propriedades, bem como de assento de dívidas contraídas pelos arrendatários, foreiros ou rendeiros e, ainda, um livro de registo das propriedades vendidas, em cumprimento da Lei da Desamortização.

Os documentos compreendidos nesta subsecção constituíam elementos informativos relevantes para a gestão financeira e a administração dos bens fundiários da Misericórdia de Lisboa.

Inclui séries compostas por livros dedicados exclusivamente ao cômputo e escrituração das receitas da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, provenientes de heranças, legados, doações, de tenças e outras fontes de rendimento resultantes da liberalidade régia, ou do capital e juros vencidos dos empréstimos contraídos, junto da Misericórdia, pela Coroa (padrões de juro reais), por particulares ou por outras instituições.

Os registos patentes nestes livros constituem a base informacional para a produção de outros, que integram outras subsecções relativas à gestão financeira da Misericórdia de Lisboa.

Inclui séries documentais compostas por documentos que refletem a administração financeira dos bens, móveis e imóveis, adquiridos pela Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, por via de herança, legado ou doação, e aos quais, para além das receitas geradas, estavam adstritos encargos estipulados pelos testadores ou doadores, os quais geravam despesas a satisfazer pela Misericórdia.
Entre estas, encontram-se os dispêndios com a celebração de missas de sufrágio pela alma dos testadores ou beneméritos, a distribuição de dotes de casamento a órfãs, as esmolas para a alimentação, o vestuário, os cuidados de saúde de pobres, ou ainda, para custear os processos de livramento de presos pobres, o resgate de cativos, o sustento de crianças expostas, o acolhimento de órfãs, entre outras.

As séries desta secção refletem, também, as verbas advindas das execuções de penhora de bens destinadas ao pagamento dos legados pios não cumpridos pelos respetivos administradores, bem como das comutações desses legados e aplicação dos seus rendimentos noutras obras de misericórdia, que não as originalmente estipuladas pelos testadores.

Inclui séries compostas por livros de registo resultantes da atividade creditícia da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, como prestadora de empréstimos de dinheiro a juros, sobretudo a famílias da alta nobreza portuguesa.

Integra, também, séries resultantes do controlo e cobrança de dívidas dos encargos testamentários e relativas a rendas vencidas de propriedades da titularidade da Misericórdia de Lisboa.

Contempla, ainda, conjuntos documentais constituídos por escrituras de dívida, sentenças, mandados e autos de penhora, declarações, certidões, obrigações e livros de registo de consignações de devedores.

Contém documentação relativa ao cômputo e processamento de receitas e despesas da responsabilidade do Tesoureiro e, posteriormente, do Serviço da Tesouraria da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa.

Inclui séries documentais relativas ao controlo e registo de pagamentos, recebimentos, cobranças e movimentações financeiras do Cofre da Santa Casa.

Inclui séries documentais formadas por livros de registo de receitas e despesas, como os livro caixa, o diário, o razão, o mestre e outros livros auxiliares do registo e computação, para além de uma série composta por borradores destes livros.

Integra, igualmente, séries referentes aos documentos comprovativos das despesas e das receitas: documentos de despesa e de receita do cofre e do caixa.

Entre o conjunto documental de documentos de despesa, existem arquivados, separadamente, pelo seu volume e formatos diferenciados, os livros da capela (com as despesas da igreja, decorrentes de missas celebradas na igreja e nas cadeias, de enterros, de tumbas e de cera), os livros de ordenados, os pagamentos por folhas e os livros de pagamento de tenças.

As séries desta subsecção resultam da reorganização contabilística e financeira da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa operada a partir de 1766, com a junção dos vários "cofres" existentes num "Cofre Geral".

Incluí séries compostas por livros de registo de despesas, utilizados, mais especificamente, como auxiliares de livros patentes noutras subsecções. Serviam, também, como apanhados de despesa, organizados por tipologia: ordenados, tenças, obras, causas, dívidas, alimentação, vestuário, presos, órfãs, expostos, asilados, etc.

Incluí os livros dos vários "Cofres" por onde se recebiam e cobravam diversas receitas e despesas da Misericórdia de Lisboa.

Após o ano de 1766, e tendo em vista racionalizar a escrituração contabilística, foi compilada a informação existente nos livros dos diversos cofres e transposta para livros de registo único das receitas e despesas, que compõem uma das séries desta subsecção.

Reúne conjuntos documentais que, sendo de cariz financeiro, constituíam elementos informativos trabalhados e compilados para envio às instâncias governativas que tutelaram a Santa Casa da Misericórdia de Lisboa.

Inclui relatórios de atividade elaborados anualmente pelos órgãos deliberativos da Misericórdia de Lisboa, bem como as contas de gerência respeitantes aos diversos anos económicos.

Integra, também, séries de balanços da Tesouraria Geral, elaborados pela Mesa, referentes à Misericórdia e ao Hospital de São José de Lisboa, por ela administrado até Novembro de 1851.

Compreende séries documentais relativas aos diversos tipos de registo das amas: internas, ou "amas da Casa" (de seco e de leite, que cuidavam das crianças na Casa da Roda e, posteriormente, no Hospital dos Expostos de Lisboa) e das amas externas, também denominadas "amas de Fora".

O registo das amas externas foi realizado em fichas individuais, organizadas por concelho, freguesia e, finalmente, por ordem alfabética do nome da ama.

A Secção engloba séries compostas por relatórios realizados pelos inspetores dos expostos da Misericórdia de Lisboa, produzidos no âmbito das visitas às amas das crianças, nas quais os inspetores verificavam, entre outros aspetos, se os enjeitados eram bem tratados, qual o seu estado de saúde, se iam à escola, tal como se encontra determinado no Regulamento de 1874.
Segundo este Regulamento (art.º 2.º) a Inspeção das Caldas da Rainha compreendia os concelhos de Alcobaça, Cadaval, Caldas, Lourinhã, Óbidos, Peniche e Rio Maior; a Inspeção de Leiria englobava os concelhos da Batalha, Leiria, Pombal, Porto de Mós e Vila Nova de Ourém; a Inspeção do Sobral de Monte Agraço integrava os concelhos de Alenquer, Arruda dos Vinhos, Azambuja, Mafra, Torres Vedras e Vila Franca. A Inspeção-geral abrangia os restantes concelhos do país onde residissem amas que tivessem a seu cargo os expostos da Misericórdia, excluindo-se a cidade de Lisboa, em que a inspeção era feita pelos visitadores da Santa Casa e regia-se por regulamento próprio.