A Companhia de Jesus (Societas Iesu), ordem religiosa de clérigos regulares idealizada por Inácio de Loiola, foi formalmente instituída pelo papa Paulo III através da Bula “Regimini militantes Ecclesiae”, de 27 de Setembro de 1540. Um ano antes, a 3 de Setembro de 1539, o sumo pontífice tinha já dado o seu consentimento verbal ao primeiro esboço do ideário da Ordem, a denominada “Fórmula do Instituto da Companhia de Jesus”, apresentada por Inácio de Loiola.

A “Fórmula”, revista e aprofundada em 1550, definia como principais objetivos da Companhia a defesa e a propagação da fé católica sob a estrita obediência ao sumo pontífice, num contexto religioso europeu marcado pela reação católica à crescente proliferação da Reforma Protestante. A Companhia de Jesus encontrava-se especialmente vocacionada para a instrução e para a missionação, baseando a sua atividade na rigorosa preparação dos seus membros, na disciplina rígida, na piedade vocacionada para a ação e para o contacto direto com as populações.

Os preceitos inicialmente definidos na “Fórmula” foram desenvolvidos por Inácio de Loiola nas Constituições da Companhia de Jesus, verdadeiras regras orgânicas da Companhia, definitivamente aprovadas na primeira Congregação Geral da Ordem realizada no ano de 1558.

Para alcançar os objetivos do seu instituto, os padres inacianos dedicavam-se à pregação, à conversão dos infiéis, apóstatas e hereges, ao ensino dos primeiros rudimentos da fé e da escrita às crianças, jovens e indivíduos humildes, à administração dos sacramentos e ao exercício das obras de caridade (conciliação dos desavindos, assistência material e espiritual aos mais desfavorecidos, aos presos, condenados à morte, doentes, peregrinos, vítimas de calamidades naturais ou epidemias).

Do conjunto dos vetores que constituíam a missão da Companhia de Jesus sobressai a sua obra pedagógica. A fundação de uma autêntica rede global de colégios jesuíticos vocacionados para o ensino de nível primário e médio, gratuito, aberto a largos estratos sociais e dotado de pedagogias, programa e objetivos próprios e uniformizados (“Ratio Studiorum” e “Modus Parisiensis”), constituiu uma das grandes inovações do ensino/aprendizagem nos alvores da Idade Moderna.

A presença dos padres inacianos em Portugal remonta a 1540, ano em que dois dos companheiros de Inácio de Loiola, os padres Simão Rodrigues de Azevedo e Francisco Xavier, chegam a Lisboa encarregues de iniciar a missionação e a conversão dos povos da Índia.

D. João III, forte impulsionador da institucionalização da Companhia e da sua radicação em Portugal, doa-lhe, a 5 de Maio de 1542, o Mosteiro de Santo Antão de Lisboa, que acabou por se tornar a primeira casa própria dos padres da Companhia fora de Roma. No mesmo ano, o padre Simão Rodrigues de Azevedo, responsável pelo lançamento dos alicerces da Companhia em Portugal, fundou, em Coimbra, o Colégio de Jesus destinado à formação dos membros da Ordem.

Em 1546, Inácio de Loiola decidiu criar em Portugal a primeira Província da Companhia e, cinco anos mais tarde, foi fundado o segundo colégio da Ordem em território português (o Colégio do Espírito Santo de Évora). Em 1553 foi inaugurado o Colégio de Santo Antão-o-Velho de Lisboa, o primeiro estabelecimento jesuítico vocacionado também para o ensino de indivíduos externos à Companhia.

Ainda no ano de 1553, por Alvará Régio de 30 de Setembro, D. João III doa aos padres inacianos a casa e ermida de São Roque, anteriormente pertencente à Confraria da mesma invocação, para aí instalarem a sua Casa Professa, isto é o espaço destinado à habitação dos professos da Ordem e o centro a partir do qual os padres proviam os seus cuidados pastorais e exerciam os ministérios apostólicos junto da população de Lisboa.

A 1 de Outubro do mesmo ano, a Companhia de Jesus tomou posse dos imóveis e, no dia seguinte, encontravam-se a residir no complexo catorze padres provenientes do Colégio de Santo Antão. Seguiram-se obras de ampliação da ermida (mais tarde abandonadas para a edificação de um novo templo) e de construção da casa anexa, que terminariam já na centúria de Seiscentos.
A Casa Professa de São Roque de Lisboa tornou-se a sede da Província Portuguesa da Companhia de Jesus e o local de residência do seu provincial.

Superintendia à comunidade instalada em São Roque um padre prepósito da Casa Professa, (ou “superior local”), que respondia perante o provincial da Ordem responsável por todas as casas e colégios da Companhia na Província Portuguesa. Este último encontrava-se subordinado ao Superior Geral, eleito na Congregação Geral (órgão legislativo máximo da Companhia de Jesus) para, vitaliciamente, governar todo o corpo da Ordem.

Residiam na Casa Professa de São Roque os padres da Companhia que, pela sua preparação intelectual e carisma pessoal, haviam professado os votos finais e ocupavam os lugares cimeiros da hierarquia da Ordem mas, também, alguns coadjutores espirituais (sacerdotes) e os coadjutores temporais (irmãos que não recebiam ordens sacras), estes últimos encarregues de zelar pelo aprovisionamento da Casa e, também, de algumas tarefas pastorais. A Casa Professa de São Roque acolheu, igualmente, até ao ano de 1569, alguns noviços que, em virtude da peste que assolou Lisboa nesse ano, acabaram por ser transferidos para os colégios de Évora e Coimbra.

O padre prepósito era coadjuvado no governo da Casa por um definidor (conselheiro), um irmão esmoler (que superintendia a distribuição de esmolas), um padre prefeito da igreja (responsável pela gestão do templo), um padre ministro (que supervisionava todas as matérias temporais do governo da Casa, nomeadamente o serviço doméstico), um irmão soto-ministro, um irmão cozinheiro, um mestre de noviços (responsável pelo ensino, preparação, vigilância e penitência dos iniciantes), um irmão comprador (encarregue de adquirir os víveres da comunidade na Ribeira e noutros mercados ou praças de Lisboa), um irmão porteiro (que controlava a portaria da Casa, isto é, as entradas e saídas da cerca, registando os que saiam e para onde se deslocavam) e "moços de feirinha" (noviços incumbidos do transporte dos víveres adquiridos nos mercados da cidade).

O número cambiante de residentes em São Roque nas duas últimas décadas do século XVI é revelador de que, neste período, a Casa Professa serviria como centro de acolhimento de membros da Ordem em viagem, nomeadamente dos padres que embarcavam nas naus da carreira da Índia e do Brasil para exercerem o seu apostolado junto das populações autóctones.

O complexo de edifícios, composto por igreja, zona habitacional, dormitório, enfermaria, celeiros, biblioteca, cisternas, cerca e oficinas para estudo e trabalho doméstico, funcionava como núcleo a partir do qual os padres da Companhia proviam o cuidado espiritual aos habitantes de Lisboa, pregando nas paróquias da cidade, ouvindo confissões, visitando prisões, ensinando a doutrina católica aos jovens, morigerando costumes e angariando donativos para os mais desfavorecidos, adestrando, também, as suas capacidades missionárias através do contacto com diferentes grupos de estrangeiros que residiam e circulavam pela capital portuguesa.

A Igreja e Casa Professa tornaram-se, desde finais do século XVI, um dos mais concorridos locais de culto da cidade de Lisboa, facto a que não foram alheios o crescente prestígio que os padres da Companhia granjearam junto da população e, também, a atrativa coleção de relíquias existente em São Roque.

A Casa Professa de São Roque de Lisboa e a Companhia de Jesus mantiveram-se em atividade em Portugal até à promulgação da Lei de 3 de Setembro de 1759, pela qual aquela Ordem e os seus membros foram declarados traidores e proscritos. Este diploma constituiu o culminar de um período persecutório iniciado pelo Edital de 7 de Junho de 1758, que proibira os padres inacianos de pregar e confessar no Patriarcado de Lisboa, e pela Carta Régia de19 de Janeiro de 1759, que determinara o sequestro dos bens da Companhia e obrigara os padres a permanecerem nos seus domicílios.

O Alvará de 25 de Fevereiro de 1761 determinou que os bens e alfaias da Companhia de Jesus destinados ao culto passassem para a administração diocesana, tendo decretado também o sequestro e a incorporação dos bens temporais na Câmara Real e no Juízo do Fisco da Inconfidência e dos Ausentes.

O Breve de Clemente XIV, “Dominus ac redemptor noster Iesus Christus”, de 21 de Julho de 1773, determinou a extinção da Companhia de Jesus e, a 7 de Agosto de 1814, a Bula “Sollicitudo omnium ecclesiarum”, de Pio VII, volta a restabelecer a Companhia.