A constituição de um Departamento Saúde-Santa Casa, em 17 de Março de 2005, visou articular os diversos serviços e equipamentos de saúde da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, com o objetivo de criar uma resposta institucional coordenada que potenciasse as sinergias entre as diversas unidades orgânicas, promovendo uma racionalização da despesa, uma melhoria da produtividade, da qualidade e da eficácia dos serviços prestados.

A criação deste Departamento, a 17 de Março de 2017, resultou, ainda, da assunção da existência de um esgotamento do modelo organizativo dos serviços de saúde existente, enquadrando-se a sua constituição numa nova estratégia que pretendia adequar os valores e a missão da Santa Casa no setor da saúde a uma realidade em rápida transformação. Desta forma, O Departamento Saúde-Santa Casa passou a coordenar, a integrar e a superintender à Direção dos Serviços de Saúde (posteriormente extinta, dando lugar ao Serviço de Saúde de Proximidade), ao Centro de Medicina de Reabilitação do Alcoitão, ao Hospital Ortopédico de Sant'Ana e ao Programa WWW.Saúde.Jovem.

De existência efêmera, coincidindo com um período de alteração da composição da Mesa da Misericórdia de Lisboa, o Departamento Saúde-Santa Casa foi extinto em 20 de Outubro de 2005, dando lugar à Direção Saúde-Santa Casa.

O Departamento Saúde-Santa Casa tinha por objetivo desenvolver um sistema integrado de prestação de cuidados de saúde à população alvo da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, bem como a definição e acompanhamento da execução de programas inovadores em cuidados de saúde, em especial na linha do envelhecimento, dos grandes dependentes e da deficiência mental.

Entre as suas competências, destacavam-se:
a) identificar as necessidades em saúde da população alvo dos serviços de saúde da Misericórdia de Lisboa e, subsidiariamente, de potenciais clientes, em especial na população sénior;
b) avaliar a capacidade de rentabilização dos recursos em saúde da Santa Casa e contribuir para a sua racionalização e eficácia;
c) Avaliar e promover formas de articulação e de cooperação com o Serviço Nacional de Saúde, com os subsistemas, com entidades do setor social e privado;
d) conduzir análises de viabilidade do desenvolvimento de projetos e programas inovadores em saúde a realizar pela Misericórdia de Lisboa ou em parceria;
e) coordenar o lançamento e o desenvolvimento de formas inovadoras de prestação de cuidados de saúde, em especial nos domínios dos cuidados em ambulatório, continuados, grandes dependentes e paliativos;
f) promover o funcionamento de um sistema integrado de informação em saúde;
g) identificar e fomentar a formação dos profissionais de saúde em função das áreas prioritárias de intervenção;
h) acompanhar a elaboração dos orçamentos, dos planos anuais de atividades e dos relatórios dos estabelecimentos e serviços de saúde;
i) promover a definição de instrumentos de gestão previsional e de controlo financeiro, bem como avaliar a oportunidade da utilização de um sistema de serviços partilhados.

A Direção do Departamento Saúde-Santa Casa era assegurada por um presidente, cargo inerente ao de Provedor (podendo ser por este delegado noutro membro da Mesa), coadjuvado por dois vogais, nomeados pela Mesa.

O Departamento integrava o Serviço de Saúde de Proximidade (que sucedeu à Direção dos Serviços de Saúde), o Hospital de Sant'Ana, o Centro de Medicina de Reabilitação do Alcoitão e o Programa WWW.Saúde.Jovem.