A criação do Núcleo de Planeamento foi aprovada, numa primeira fase, em regime de instalação, pela Portaria n.º 37/75, de 20 de Janeiro, e, posteriormente, pelo Decreto-Lei n.º 313/79 de 20 de Agosto.

Em 1982, o Gabinete de Estudos e Planeamento encontrava-se enquadrado na Secretaria-Geral e tinha como principais atribuições a elaboração de estudos para a definição de políticas, bem como a realização de planos e programas de ação sectoriais.

Com a aprovação do regulamento geral, orgânico e funcional da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, ocorrida em Janeiro de 2003, o Gabinete de Prospetiva e Planeamento (GPP) é enquadrado na dependência direta do Provedor, cabendo-lhe, em geral, apoiar a Administração na definição do planeamento estratégico e na produção de informação de gestão fundamental à eficaz prossecução da missão da instituição.

Em 2009, com a aprovação de um novo regulamento orgânico, o Gabinete de Estudos e Planeamento, considerado um serviço instrumental da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, mantinha as anteriores atribuições do GPP.

Com a criação do Serviço de Estudos, Planeamento, Auditoria e Jurídico (SEPAJ), em 2015, o Gabinete de Estudos e Planeamento passa a figurar entre as as unidades orgânicas dependentes deste serviço.

Entre 1982 e 2009, o Gabinete de Prospetiva e Planeamento/Gabinete de Estudos e Planeamento tinha como principais atribuições a elaboração de estudos para a definição de políticas, a realização de planos e programas de ação sectoriais, bem como o apoio à Administração na definição do planeamento estratégico e na produção de informação de gestão.

Entre Março de 2009 e Janeiro de 2015, o Gabinete de Estudos e Planeamento detinha as seguintes competências:
a) prestar apoio técnico à Mesa da SCML e respetivos serviços, na definição do plano estratégico e dos indicadores de gestão;
b) promover a participação dos diversos serviços na elaboração do plano anual de atividades da SCML, de modo a garantir a articulação entre os elementos que o compõem;
c) coordenar a elaboração do plano anual de atividades;
d) assegurar a elaboração do relatório anual de gestão e contas da SCML;
e) assegurar os procedimentos relativos ao planeamento e controlo de gestão, acompanhando a realização dos planos, analisando os desvios e propondo a implementação de medidas corretivas;
f) assegurar a produção de informação de gestão periódica e a que for superiormente solicitada;
g) garantir a recolha e tratamento de informação estatística relativa às variáveis relevantes para a atividade da SCML, e a sua posterior difusão aos utilizadores internos e externos;
h) realizar estudos temáticos e prospetivos, quando necessários, para melhorar e sistematizar conhecimentos relacionados com a atividade da SCML ou quando solicitados pelos serviços da SCML.

A partir de 15 de Janeiro de 2015, o GEP vai acumular também as seguintes atribuições:
a) assegurar a investigação aplicada na área da economia social;
b) identificar e avaliar programas de financiamento suscetíveis de comparticipar ações da SCML, apoiando a elaboração de candidaturas, garantindo o respetivo controlo de execução e assegurando o total cumprimento das normas aplicáveis.