O Serviço de Farmácia tinha como funções orientar, coordenar, controlar e supervisionar a gestão, distribuição e conservação de medicamentos, dietéticos, material de consumo clínico e outros produtos, de acordo com as normas legais em vigor.

Competia-lhe, especialmente:

a) atender os utilizadores dos Serviços de Saúde da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, mediante prova médica, de acordo com as normas superiormente aprovadas;
b) fornecer as Unidades de Saúde, bem como os estabelecimentos de administração direta da Santa Casa, mediante requisições devidamente preenchidas, de acordo com as normas superiormente aprovadas;
c) executar ou promover a execução de quaisquer tarefas que lhe forem confiadas pelo diretor coordenador dos Serviços de Saúde de São Roque, dentro do âmbito farmacêutico;
d) promover e apoiar estudos relacionados com as ciências e técnicas farmacêuticas;
e) promover a análise e estudo dos dados estatísticos relacionados com a aquisição, comercialização e consumo de medicamentos, dietéticos, material de consumo clínico e de outros produtos no âmbito da atividade dos serviços;
f) emitir parecer técnico sobre propostas de concursos de aquisição promovidos pela Direção de Serviços de Aprovisionamentos, sempre que os produtos sejam distribuídos pelo serviço;
g) organizar o núcleo documental especializado e manter atualizados os ficheiros sobre medicamentos;
h) zelar pelo rigoroso cumprimento dos deveres gerais dos trabalhadores e propor a participação em ações de formação e reciclagem dos mesmos, de acordo com as necessidades das funções a desempenhar;
i) elaborar o plano de atividades, bem como a proposta de orçamento e o relatório anual, a integrar nos da Direção de Coordenação dos Serviços de Saúde de São Roque.

•[deliberação da 2.ª sessão extraordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 29 de Janeiro de 1996,] que determinou a criação de um grupo de trabalho para elaborar uma proposta de alteração da estrutura orgânica dos Serviços de Saúde de São Roque.

•736.ª e 737.ª deliberações da 21.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 23 de Maio de 1996, que aprovaram o organograma dos Serviços de Saúde de São Roque e a nova estrutura orgânica dos mesmos.

•785.ª deliberação da 68.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 30 de Abril de 1997, que determinou a constituição de um grupo de trabalho encarregue de apresentar um "Projeto de Reestruturação dos Serviços de Saúde de São Roque".

•2010.ª deliberação da 99.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 4 de Dezembro de 1997, que aprovou o regulamento orgânico dos Serviços de Saúde de São Roque.

•2012.ª deliberação da 99.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 4 de Dezembro de 1997, que nomeou uma Comissão de Gestão e Reestruturação dos Serviços de Saúde de São Roque, com a incumbência de criar as condições indispensáveis à implementação do novo regulamento orgânico e encarregue de proceder à reorganização, regularização e estabilização dos referidos serviços, sem prejuízo da apresentação de propostas de alteração ou aperfeiçoamento que se mostrassem necessárias.

•83.ª deliberação da 104.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 15 de Janeiro de 1998, que definiu as competências específicas dos vogais da Comissão de Gestão e Reestruturação dos Serviços de Saúde de São Roque.

•6.ª deliberação da 153.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 6 de Janeiro de 1999, que aprovou, com ressalva, o Regulamento Geral dos Serviços de Saúde de São Roque, determinando que o conjunto destes Serviços passasse a designar-se Direção de Coordenação dos Serviços de Saúde de São Roque.

•107.ª deliberação da 155.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 21 de Janeiro de 1999, que aprovou definitivamente o regulamento geral da Direção de Coordenação dos Serviços de Saúde de São Roque.

•345.ª deliberação da 13.ª sessão ordinária da Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, de 3 de Outubro de 2002, que revogou o regulamento orgânico da Direção de Coordenação dos Serviços de Saúde de São Roque e aprovou a nova estrutura orgânica da Direção dos Serviços de Saúde.