Unidade orgânica criada na sequência de uma reorganização dos serviços de saúde da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa iniciada a 29 de Janeiro de 1996, com a criação de um grupo de trabalho (mais tarde denominado Comissão de Gestão e Reestruturação dos Serviços de Saúde de São Roque) encarregue de efetuar um levantamento da situação e apresentar uma proposta de alteração da estrutura orgânica dos serviços, no sentido agilizar, flexibilizar e aumentar a capacidade de articulação dos mesmos. Este processo culminou com a criação, a 6 de Janeiro de 1999, da Direção de Coordenação dos Serviços de Saúde de São Roque e com a aprovação do respetivo regulamento geral, a 21 de Janeiro do mesmo ano.

A unidade orgânica manteve-se em funcionamento até à criação, a 3 de Outubro de 2002, da Direção dos Serviços de Saúde, resultante de um novo processo de reestruturação e refundação dos serviços de saúde da Santa Casa.