A constituição de um Departamento Saúde-Santa Casa, em 17 de Março de 2005, visou articular os diversos serviços e equipamentos de saúde da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, com o objetivo de criar uma resposta institucional coordenada que potenciasse as sinergias entre as diversas unidades orgânicas, promovendo uma racionalização da despesa, uma melhoria da produtividade, da qualidade e da eficácia dos serviços prestados.
A criação deste Departamento, a 17 de Março de 2017, resultou, ainda, da assunção da existência de um esgotamento do modelo organizativo dos serviços de saúde existente, enquadrando-se a sua constituição numa nova estratégia que pretendia adequar os valores e a missão da Santa Casa no setor da saúde a uma realidade em rápida transformação. Desta forma, O Departamento Saúde-Santa Casa passou a coordenar, a integrar e a superintender à Direção dos Serviços de Saúde (posteriormente extinta, dando lugar ao Serviço de Saúde de Proximidade), ao Centro de Medicina de Reabilitação do Alcoitão, ao Hospital Ortopédico de Sant'Ana e ao Programa WWW.Saúde.Jovem.
De existência efêmera, coincidindo com um período de alteração da composição da Mesa da Misericórdia de Lisboa, o Departamento Saúde-Santa Casa foi extinto em 20 de Outubro de 2005, dando lugar à Direção Saúde-Santa Casa.