A Colónia Agrícola do Pisão foi criada em 1941 pela Comissão Administrativa do Albergue Distrital da Mendicidade de Lisboa, com o propósito dar aos albergados um espaço onde pudessem trabalhar na agricultura, na pecuária, na construção dos edifícios da colónia, na exploração florestal, na pedreira, nos fornos de cal e em outros trabalhos de autossubsistência.
A Quinta do Pisão, sita em Alcabideche, Cascais, encontrava-se afastada das outras localidades, estando rodeada por uma vasta área florestal e de exploração agropecuária com mais de 300 hectares.
Em Maio de 1941, iniciam-se os trabalhos de reconstrução dos edifícios daquela propriedade e a exploração dos terrenos agrícolas, tendo sido transferidos, para a Colónia 100 albergados e destacado pessoal da Polícia de Segurança Pública de Lisboa, necessário à vigilância dos mesmos.
Ainda no final de 1941, foi adquirida uma quinta no lugar de Porto Covo, junto da Quinta do Pisão, por forma a alargar o espaço disponível para cultivo.
Em 1945 é projetado o alargamento das instalações da Quinta do Pisão, incluindo a edificação de cinco barracões destinados a camaratas, refeitório, cozinha, enfermaria, casas para os guardas, sanitários e arrecadações.
A capela foi construída em 1954, sendo as imagens, os paramentos e as alfaias da mesma, adquiridos com o recurso a receitas provenientes de um espetáculo realizado no Coliseu dos Recreios.
Em 1962 foram edificados pavilhões destinados, especificamente, a doentes do foro psiquiátrico.
Para além de colónia agrícola, prevista no projeto original, a Quinta do Pisão manteve, também, uma vertente de assistência à doença mental de apoiando os hospitais psiquiátricos próximos, como foi o caso do Hospital Miguel Bombarda, do Hospital Júlio de Matos e, a partir de 1972, do Centro Psiquiátrico de Recuperação de Montachique.
A Colónia Agrícola do Pisão manteve-se sob a direção do Albergue Distrital de Mendicidade de Lisboa até à sua extinção, em 1977, [passando, a partir daqui, a depender da entidade sucessora do Albergue, o Centro de Apoio Social de Lisboa].
A 2 de Fevereiro de 1985, a Colónia do Pisão passou a ser gerida pela Santa Casa da Misericórdia de Cascais, mediante acordo de gestão celebrado com o Instituto da Segurança Social, passando a denominar-se Centro de Apoio Social do Pisão.