Antónia de Castro, viúva de Diogo Lopes de Sousa, governador da Casa do Cível [de Lisboa], no seu testamento, aprovado a 6 de Setembro de 1587, instituíra como testamenteira a Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, com o encargo de estabelecer um hospital para peregrinos nas casas, sitas na freguesia da Sé, pertencentes à testadora.

Após o seu falecimento, a 26 de Setembro de 1587, a Santa Casa da Misericórdia de Lisboa considerara a utilidade de substituir o hospital inicialmente projetado por um recolhimento de meninas pobres e órfãs, medida que obteve confirmação pela bula pontifícia de comutação, outorgada pelo papa Clemente VIII, em 6 de Dezembro de 1594.

Instalado inicialmente na freguesia da Sé, este recolhimento transitou, a 27 de Junho de 1654, para junto do edifício da Misericórdia de Lisboa, à Ribeira. Após a destruição causada pelo terramoto de 1755, terá conhecido diversas localizações.

Por Carta Régia de 8 de Fevereiro de 1768 determinou-se a instalação do Recolhimento das Órfãs da Misericórdia de Lisboa no complexo de edifícios de São Roque.

Por força do Decreto de 31 de Dezembro de 1833, a Santa Casa tomou posse do antigo convento da ordem dos Religiosos Menores reformados de Santa Maria da Arrábida, sito na Rua de São Pedro de Alcântara n.º 85, que fora destinado a acolher o referido recolhimento.

A deliberação n.º 57 da sessão da Mesa de 30 de Setembro de 1943 determinou a extinção do Recolhimento das Órfãs, ao estabelecer a fusão entre este recolhimento e outra entidade, denominada Instituto Luísa Paiva de Andrada, medida que fora estabelecida tendo como base os resultados de um relatório sobre o funcionamento e os encargos dos estabelecimentos de ensino da Misericórdia de Lisboa.