Unidade orgânica criada na dependência dos Serviços Médico-Farmacêuticos após a reforma dos serviços de assistência médica, farmacêutica e higiénica da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa iniciada no ano de 1906 e concretizada a 4 de Fevereiro de 1907.

A instalação da Farmácia Central resultou do aumento do número de indivíduos assistidos pelos serviços médicos da Misericórdia de Lisboa, da consequente necessidade de alcançar uma redução das despesas efetuadas com a compra de medicamentos às farmácias particulares e de controlar, de forma mais eficaz, a distribuição de remédios.

Além da Farmácia Central, e na sua dependência, foram criados varios postos (ou dispensários) farmacêuticos junto aos dispensários clínicos e casas de consulta da Misericórdia de lisboa espalhados pela cidade. A partir de 19 de Junho de 1923, a Farmácia Central passou também a fornecer medicamentos, a preço tabulado, aos colaboradores da Santa Casa.

Durante o período da I Guerra Mundial esta unidade orgânica prestou auxílio aos hospitais civis e a outras entidades, uma vez que tinha acumulado em stock grandes quantidades de matérias-primas necessárias à produção dos fármacos.

A 3 de Janeiro de 1935, a Farmácia Central passou para a dependência do Instituto Medico Central, inaugurado oficialmente a 8 de Março do mesmo ano.