Unidade orgânica criada na sequência da reconversão do Instituto Médico Central em hospital vocacionado para a assistência médica infantil, nos termos do 2.º parágrafo, do artigo 2.º, do Decreto-lei n.º 32.255, de 12 de Setembro de 1942.

A partir de 29 de Julho de 1943, os serviços médicos centralizados da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa passaram a admitir às consultas de especialidades e ao internamento apenas os indivíduos menores de 15 anos de idade.

Os serviços médicos e hospitalares da SCML foram recebendo ajustamentos regulamentares e normativos, a partir 1945, os dispensários, a Casa Maternal, O Serviço Médico de Urgência e o Hospital Infantil de São Roque, atuavam em colaboração com os serviços assistenciais, o mesmo acontecendo na inspeção sanitária, na assistência dos internatos e no socorro domiciliário.

A regulamentação dos serviços e a definição de dependência, aparece inscrita na 6.ª deliberação da sessão da Mesa da SCML de 15 de Agosto de 1946: “ao encarregado da chefia do Hospital Infantil de S. Roque compete dirigir toda a atividade médica e de enfermagem da Casa Maternal, ficando-lhe, por isso, subordinado o pessoal que ali exercer tais atividades, devendo anunciar à Regente quaisquer instruções que o mesmo pessoal deva observar no desempenho das suas funções”.

A programação e execução de obras no espaço de São Roque, obedeceu essencialmente a objetivos anunciados pelo diploma orgânico aprovado e publicado no final de 1955 (Decreto-Lei nº. 40.397), referindo-se, nomeadamente, à urgência da administração em instalar, essencialmente, os novos serviços, previstos para os edifícios sede e centrais (Hospital Infantil de S. Roque e Unidade de Lactentes).

Na 2.ª deliberação da Sessão da Mesa da SCML de 27 de julho de 1972, é referenciado um legado para a criação, no Hospital Infantil de São Roque, de uma enfermaria com 5 camas.

Em 1977 é efetuada uma nova reorganização dos Serviços de Saúde da Santa Casa, reconhecendo os Serviços Médicos do Hospital de São Roque como sector individualizado dos Serviços Médicos da Misericórdia.

Por sua vez, a 1.ª deliberação da Sessão da Mesa da SCML de 22 de Fevereiro de 1983, faz referência a um projeto de estudo/remodelação do Hospital Infantil de São Roque, sendo mesmo apontada a criação de mais uma consulta de pediatria no mencionado Hospital, na 21.ª deliberação da sessão da Mesa da SCML n.º 44 de 3 de Novembro de 1988.

Em 1996 é criado um grupo de trabalho para elaborar uma proposta de alteração da estrutura orgânica dos Serviços de Saúde de São Roque, estrutura que viria a ser aprovada pelas 736.ª e 737.ª deliberações da 21.ª sessão da Mesa da SCML, de 23 de maio de 1996.