O Instituto de São Pedro de Alcântara foi criado em 1943, resultando da fusão entre o Recolhimento das Órfãs e o Instituto Luísa Paiva de Andrada, nos termos da deliberação n.º 36 da sessão de Mesa de 30 de Setembro do mesmo ano.

Com a fusão destes dois antigos estabelecimentos de assistência educativa, o convento da extinta Ordem dos Religiosos Menores Reformados de Santa Maria da Arrábida, sito em São Pedro de Alcântara, passou a albergar as alunas do Instituto Luísa Paiva de Andrada, cujo antigo edifício, sito na Rua de São Boaventura, serviria para acolher os serviços administrativos do novo Instituto.

Em 1944, entrou em vigor o protocolo de cooperação entre a Santa Casa da Misericórdia e a Congregação da Apresentação de Maria, que assumiu a direção do Instituto de São Pedro de Alcântara, herdando dos extintos estabelecimentos, a vertente pedagógica e assistencial, continuando a acolher órfãs provenientes de todo o país.

O Instituto de São Pedro de Alcântara conciliou, durante alguns anos, a vertente pedagógica e assistencial, proporcionando residência a órfãs provenientes de todo o país, no entanto, nos termos da Portaria n.º 14.347 de 22 de Abril de 1953, a parte respeitante ao recolhimento das órfãs foi incorporada na secção de Santa Clara da Casa Pia de Lisboa.

O Instituto continuou a funcionar como lar e colégio, obtendo o estatuto de escola oficial em 1953, por força da Portaria n.º 14.452 de 9 de Julho do mesmo ano.

Em 1974 são suspensas as atividades letivas no antigo Convento de São Pedro de Alcântara, passando o Instituto de São Pedro de Alcântara a funcionar apenas como lar, sendo a formação adquirida nas escolas oficiais.

Em 2012 o Instituto de São Pedro de Alcântara deixa de existir, em consequência da anulação do protocolo entre a Santa Casa da Misericórdia de Lisboa e a Congregação da Apresentação de Maria.