Os livros incluem o assento, em forma de rascunho, da receita e da despesa do Caixa, registando entre outros, esmolas, encargos não previstos, foros, laudémios, rendas, juros particulares e reais, dívida passiva, pagamento de fianças, legados não cumpridos, venda de produtos, géneros alimentícios e de medicamentos, aquisição de material para uso corrente de expediente e de material para as enfermarias do Hospital de São José, guisamentos para a celebração das missas e de outras despesas com a igreja, gastos com os presos, bens dos doentes falecidos no Hospital de São José, despesa com a criação dos expostos e sustento das internadas do Recolhimento das Órfãs, emolumentos pelas assinaturas dos ministros das repartições da administração central da Coroa, recebimento do subsídio imposto nas paróquias, bem como pagamento de dotes, de ordenados e de serviços de obras.

Posteriormente, e após conferência, estes registos eram transferidos para os seguintes livros, de caixa, auxiliares de receita e despesa, dos legados, da administração da Casa, da despesa do Hospital de São José de Lisboa, da despesa dos expostos ou da caixa papéis de crédito, conforme remissão no respetivo registo.