O Instituto de São Pedro de Alcântara foi criado em 1943, resultando da fusão entre o Recolhimento das Órfãs e o Instituto de Luísa Paiva de Andrada, nos termos da deliberação n.º 36 da sessão de Mesa de 30 de Setembro do mesmo ano.

Após a fusão destes dois antigos estabelecimentos de assistência educativa, o convento da extinta Ordem dos Religiosos Menores Reformados de Santa Maria da Arrábida, sito em São Pedro de Alcântara, passou a albergar, também, as alunas do Recolhimento das Órfãs, cujo antigo edifício, sito na Rua de São Boaventura, serviria para acolher os serviços administrativos do novo Instituto.

Em 1944, entrou em vigor o protocolo de cooperação entre a Santa Casa da Misericórdia e a Congregação da Apresentação de Maria, que assumiu a direção do Instituto de São Pedro de Alcântara, herdando dos extintos estabelecimentos, a vertente pedagógica e assistencial, continuando a acolher órfãs provenientes de todo o país.

O Instituto de São Pedro de Alcântara conciliou, durante alguns anos, a vertente pedagógica e assistencial, proporcionando residência a órfãs provenientes de todo o país, no entanto, nos termos da Portaria n.º 14.347 de 22 de Abril de 1953, a parte respeitante ao recolhimento das órfãs foi incorporada na secção de Santa Clara da Casa Pia.

O Instituto continuou a funcionar como lar e colégio, obtendo o estatuto de escola oficial em 1953, por força da Portaria n.º 14.452 de 9 de Julho do mesmo ano.

Em 1974 são suspensas as atividades letivas no antigo Convento de São Pedro de Alcântara, passando o Instituto de São Pedro de Alcântara a funcionar apenas como lar, sendo a formação adquirida nas escolas oficiais.

Em 2012 o Instituto de São Pedro de Alcântara deixa de existir, em consequência da anulação do protocolo entre a Santa Casa da Misericórdia de Lisboa e a Congregação da Apresentação de Maria.