Unidade orgânica criada na sequência da extinção dos Serviços Médico-Farmacêuticos e do consequente alargamento, reequipamento e reestruturação dos serviços de assistência clínica prestados pela Santa Casa da Misericórdia de Lisboa. Esta reforma visou, sobretudo, um alargamento dos serviços disponibilizados e dos objetivos da instituição no que tocava aos cuidados de saúde prestados à população mais carenciada da cidade de Lisboa e aos tutelados da Santa Casa. Teve também em vista promover uma maior eficiência dos cuidados médicos prestados e uma maior harmonização e cooperação com os serviços de Assistência Social da Misericórdia, bem como com outras instituições públicas e privadas de cariz clínico ou assistencial.

A criação do Instituto Médico Central implicou a dotação de novas instalações para acomodação das diversas unidades orgânicas de cariz central e descentralizado. Para este fim, foi efetuado um avultado investimento em imóveis, em equipamento clínico e de diagnóstico, tendo sido adquiridos os edifícios contíguos à sede da Misericórdia de Lisboa, anteriormente pertencentes à Companhia de Carruagens Lisbonense, os quais sofreram obras de alteração e adaptação levadas a cabo pelo empreiteiro Fernand Touzet, segundo o projeto arquitetónico de Tertuliano de Lacerda Marques. Estes imóveis passaram a albergar os serviços médicos centralizados, que se pretendiam tão completos quanto possível ao nível das consultas externas de especialidades e do internamento (reservado aos casos especiais e absolutamente necessários).

O Instituto Médico Central, que incorporou sob a sua dependência novas unidades orgânicas e outras já existentes, foi oficialmente inaugurado a 8 de Maio de 1935, embora alguns serviços como a Farmácia Central, a Cozinha de Leite (e respetivo Lactário), o Laboratório de Análises Clínicas, o Posto de Socorros Noturnos e a Secretaria já se encontrassem em funcionamento, nas novas instalações, a 3 de Janeiro do mesmo ano. A criação desta unidade orgânica representou um considerável crescimento na capacidade instalada da Misericórdia de Lisboa no campo da prestação de cuidados de saúde.

Por força do estipulado no parágrafo 2.º, do artigo 2.º, do Decreto 32.255, de 12 de Setembro de 1942, iniciou-se a conversão do Instituto Médico Central em unidade orgânica vocacionada para a assistência médica infantil, tendo a Mesa da Misericórdia de Lisboa, pela 15.ª deliberação da sessão de 29 de Julho de 1943, interditado o internamento e a admissão às consultas de especialidades aos indivíduos maiores de 15 anos de idade.