O antigo Orfanato Escola Santa Isabel foi extinto e integrado na Santa Casa da Misericórdia de Lisboa em 22 de Junho de 1983, funcionando durante os primeiros anos como centro de ocupação de tempos livres e colónia de férias.

Em Julho de 1984 foi aprovado, pela Mesa da Misericórdia, um projeto de formação de jovens, visando a constituição dos cursos de cozinha e economia doméstica, bem como das oficinas de carpintaria, de sapateiro e de barbearia. Este projeto surgiu da necessidade de rentabilização das antigas instalações e, também, para dar resposta às carências psicossomáticas e comportamentais dos jovens provindos de internatos da Misericórdia de Lisboa, de colocações familiares ou mesmo externos à instituição.

Em 1986, por despacho de José Damasceno de Campos, provedor da Misericórdia de Lisboa, o antigo Orfanato Escola Santa Isabel, passou a denominar-se Centro Social Polivalente Santa Isabel, nomeando António Duarte Amaro, técnico superior da Casa Pia de Lisboa, como diretor, em regime de destacamento, e Julieta Almeida Araújo como coordenadora pedagógica.

Em 1987, o Centro Polivalente Santa Isabel, configurava-se já como uma "pequena aldeia", constituída por 48 edifícios, uma igreja e um centro de formação profissional, criado no âmbito do Fundo Social Europeu. Este centro de formação era constituído pelas oficinas de corte e confeção, carpintaria, sapataria, pintura auto e um curso de agro-pecuária que incluía uma pequena exploração agrícola.

No ano de 1988 foram criados mais dois cursos de eletrónica, cuja perspetiva pedagógica se apresentava inovadora, a nível nacional. Nesta altura, a ação do centro encontrava-se organizada numa perspetiva pedagógica de formação integral do aluno, configurando a vertente prática, sem descurar a parte teórica da formação, tendo como base o desenvolvimento da personalidade, nas suas componentes física, afetiva e intelectual.

Em Agosto de 1988, altura em que a Mesa da Santa Casa delibera autorizar a alteração do nome do Centro Social Polivalente Santa Isabel para Aldeia de Santa Isabel, começou a delinear-se um projeto para a criação de um lar, destinado a idosos e crianças, aberto à comunidade local.