As primeiras referências ao Arquivo e Biblioteca da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa apontam, não para a constituição de uma unidade orgânica, com competências ao nível da conservação ou da gestão de documentação, mas para a existência de locais específicos destinados ao armazenamento de documentos e obras impressas. Como exemplo desta conotação pode ser apresentada a referência à instalação do Arquivo e Biblioteca da SCML na Camarata n.º 6, conhecida por D. Estefânia, aprovada pela 2.ª deliberação da sessão ordinária da Mesa da SCML de 20 de Maio de 1899.

De acordo com a 2.º deliberação da sessão da Mesa de 18 de Fevereiro de 1913, bem como com a 5.ª deliberação da sessão da Mesa de 09 de Janeiro de 1915, o Arquivo da Santa Casa encontrava-se sob a responsabilidade do 1.º oficial da Contadoria.

No Decreto n.º 17736, de 11 de Dezembro 1929, que aprovou a remodelação dos serviços da Misericórdia de Lisboa, é referido que a Secretaria - 1.ª Repartição tinha a seu cargo o arquivo.

Em Março de 1972 foi aprovada a transferência do Arquivo e Biblioteca da Misericórdia, das dependências da sede para as instalações sitas no n.º 9 da Rua de São Bento.

Em Maio de 1973, na 1.ª deliberação da 20.ª sessão ordinária da Mesa, que aprovou a adaptação das referidas instalações, é mencionado o Arquivo Geral da Misericórdia. Nesta fase o Arquivo encontrava-se na dependência o Serviço de Património.

A criação do Arquivo como unidade orgânica da Misericórdia de Lisboa, autónoma do Serviço de Património, foi determinada pelo Decreto-Lei n.º 313/79, de 20 de Agosto.

Com a aprovação do Regulamento Arquivístico da documentação da SCML, à execeção do Departamento de Apostas Mútuas Desportivas, pela Portaria 159/82, de 04 de Fevereiro, determinava-se, no n.º 2 do 1.º artigo, que os originais dos documentos de conservação permanente, decorridos o prazo de 50 anos, deveriam ser subdivididos em documentos de interesse técnico e administrativo, que permaneceriam no arquivo geral, e de interesse histórico que seriam remetidos para o arquivo histórico.

Em 1982 o Arquivo Geral encontrava-se enquadrado na Secretaria-Geral.

Em Setembro de 1985 foi aprovado e difundido internamente, através de circular da Secretaria-Geral, o Regulamento Provisório do Arquivo, e, em Dezembro do mesmo ano, foi aprovado um projeto de reestruturação do Arquivo Histórico.

A 49.ª deliberação da 20.º sessão ordinária da Mesa, de 17 de maio de 1988, aprovou a constituição de um grupo de trabalho para o estudo da reestruturação do arquivo intermédio da Misericórdia.

Com a 52.ª deliberação da 21.ª sessão ordinária da Mesa de 23 de Maio de 1989, foi determinado que o Arquivo deveria ser supervisionado pela diretora do Centro de Documentação.

No regulamento da Secretaria-Geral, aprovado pela 1104.ª deliberação da 70.ª sessão ordinária da Mesa, de 03 de Junho de 1993, o Arquivo Histórico / Biblioteca é identificado entre os serviços dependentes.

Entre Setembro de 2000 e Fevereiro de 2003, o Arquivo Histórico / Biblioteca continua a estar na dependência da Secretaria-Geral, mas diretamente subordinado à Direção de Serviços de Arquivo e Documentação. No regulamento orgânico da Secretaria-Geral, aprovado em Fevereiro de 2003, o Arquivo Histórico / Biblioteca detinha entre as suas atribuições a responsabilidade de assegurar o funcionamento e a guarda do arquivo histórico e intermédio.

A aprovação do novo Regulamento Arquivístico da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, através da Portaria 509/2004 de 14 de Maio, define os procedimentos ligados à gestão da documentação produzida e recebida por todos os departamentos, estabelecimentos e serviços da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, bem como as competências da unidade orgânica Arquivo Histórico nas várias fases do ciclo de vida dos documentos.

Em 2007, com a provação de um novo regulamento orgânico da Secretaria-Geral, o serviço responsável pela preservação e gestão da documentação à guarda da SCML passa a designar-se oficialmente Arquivo Histórico.

Em Junho de 2012, com o objetivo de valorizar a cultura como área de missão da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, é criada a Direção da Cultura, passando a ser a unidade orgânica responsável pela promoção e coordenação, de forma integrada e transversal, da ação cultural da instituição, designadamente nas áreas do estudo e investigação, conservação, incorporação de bens culturais e desenvolvimento cultural. No regulamento desta Direção, aprovado pela 1316.ª deliberação da 34.ª sessão ordinária da Mesa, de 06 de Junho de 2012, o Arquivo Histórico passa figurar entre os serviços dependentes.