Unidade orgânica criada na sequência da extinção dos Serviços Médico-Farmacêuticos e do consequente alargamento, reequipamento e reestruturação dos serviços de assistência clínica prestados pela Santa Casa da Misericórdia de Lisboa. Esta reforma visou, sobretudo, um alargamento dos serviços disponibilizados e dos objetivos da instituição no que tocava aos cuidados de saúde prestados à população mais carenciada da cidade de Lisboa e aos tutelados da Santa Casa. Teve também em vista promover uma maior eficiência dos cuidados médicos prestados e uma maior harmonização e cooperação com os serviços de Assistência Social da Misericórdia, bem como com outras instituições públicas e privadas de cariz clínico ou assistencial.

A criação do Instituto Médico Central implicou a dotação de novas instalações para acomodação das diversas unidades orgânicas de cariz central e descentralizado. Para este fim, foi efetuado um avultado investimento em imóveis, em equipamento clínico e de diagnóstico, tendo sido adquiridos os edifícios contíguos à sede da Misericórdia de Lisboa, anteriormente pertencentes à Companhia de Carruagens Lisbonense, os quais sofreram obras de alteração e adaptação levadas a cabo pelo empreiteiro Fernand Touzet, segundo o projeto arquitetónico de Tertuliano de Lacerda Marques. Estes imóveis passaram a albergar os serviços médicos centralizados, que se pretendiam tão completos quanto possível ao nível das consultas externas de especialidades e do internamento (reservado aos casos especiais e absolutamente necessários).

O Instituto Médico Central, que incorporou sob a sua dependência novas unidades orgânicas e outras já existentes, foi oficialmente inaugurado a 8 de Maio de 1935, embora alguns serviços como a Farmácia Central, a Cozinha de Leite (e respetivo Lactário), o Laboratório de Análises Clínicas, o Posto de Socorros Noturnos e a Secretaria já se encontrassem em funcionamento, nas novas instalações, a 3 de Janeiro do mesmo ano. A criação desta unidade orgânica representou um considerável crescimento na capacidade instalada da Misericórdia de Lisboa no campo da prestação de cuidados de saúde.

Por força do estipulado no parágrafo 2.º, do artigo 2.º, do Decreto 32.255, de 12 de Setembro de 1942, iniciou-se a conversão do Instituto Médico Central em unidade orgânica vocacionada para a assistência médica infantil, tendo a Mesa da Misericórdia de Lisboa, pela 15.ª deliberação da sessão de 29 de Julho de 1943, interditado o internamento e a admissão às consultas de especialidades aos indivíduos maiores de 15 anos de idade.

Unidade orgânica criada na sequência da reconversão do Instituto Médico Central em hospital vocacionado para a assistência médica infantil, nos termos do 2.º parágrafo, do artigo 2.º, do Decreto-lei n.º 32.255, de 12 de Setembro de 1942.

A partir de 29 de Julho de 1943, os serviços médicos centralizados da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa passaram a admitir às consultas de especialidades e ao internamento apenas os indivíduos menores de 15 anos de idade.

Os serviços médicos e hospitalares da SCML foram recebendo ajustamentos regulamentares e normativos, a partir 1945, os dispensários, a Casa Maternal, O Serviço Médico de Urgência e o Hospital Infantil de São Roque, atuavam em colaboração com os serviços assistenciais, o mesmo acontecendo na inspeção sanitária, na assistência dos internatos e no socorro domiciliário.

A regulamentação dos serviços e a definição de dependência, aparece inscrita na 6.ª deliberação da sessão da Mesa da SCML de 15 de Agosto de 1946: “ao encarregado da chefia do Hospital Infantil de S. Roque compete dirigir toda a atividade médica e de enfermagem da Casa Maternal, ficando-lhe, por isso, subordinado o pessoal que ali exercer tais atividades, devendo anunciar à Regente quaisquer instruções que o mesmo pessoal deva observar no desempenho das suas funções”.

A programação e execução de obras no espaço de São Roque, obedeceu essencialmente a objetivos anunciados pelo diploma orgânico aprovado e publicado no final de 1955 (Decreto-Lei nº. 40.397), referindo-se, nomeadamente, à urgência da administração em instalar, essencialmente, os novos serviços, previstos para os edifícios sede e centrais (Hospital Infantil de S. Roque e Unidade de Lactentes).

Na 2.ª deliberação da Sessão da Mesa da SCML de 27 de julho de 1972, é referenciado um legado para a criação, no Hospital Infantil de São Roque, de uma enfermaria com 5 camas.

Em 1977 é efetuada uma nova reorganização dos Serviços de Saúde da Santa Casa, reconhecendo os Serviços Médicos do Hospital de São Roque como sector individualizado dos Serviços Médicos da Misericórdia.

Por sua vez, a 1.ª deliberação da Sessão da Mesa da SCML de 22 de Fevereiro de 1983, faz referência a um projeto de estudo/remodelação do Hospital Infantil de São Roque, sendo mesmo apontada a criação de mais uma consulta de pediatria no mencionado Hospital, na 21.ª deliberação da sessão da Mesa da SCML n.º 44 de 3 de Novembro de 1988.

Em 1996 é criado um grupo de trabalho para elaborar uma proposta de alteração da estrutura orgânica dos Serviços de Saúde de São Roque, estrutura que viria a ser aprovada pelas 736.ª e 737.ª deliberações da 21.ª sessão da Mesa da SCML, de 23 de maio de 1996.